Lokacja Mszany Dolnej na prawie magdeburskim nastąpiła pod koniec panowania Kazimierza Wielkiego, z tym, że pierwotną osadę na tzw. „mieścisku” (rejon dzisiejszego Rynku) założyli najprawdopodobniej już wcześniej cystersi ze Szczyrzyca, na mocy przywileju generalnego, nadanego im przez Władysława Łokietka. Pierwszy kościół stanął tu z fundacji królewskiej w 1345 r., co świadczy o tym, że Mszana była już wówczas dużą, samodzielną wsią. Jednym z najstarszych zachowanych dokumentów, wymieniającym Mszanę jako osadę jest akt z 1369 r., wystawiony przez kancelarię Kazimierza Wlk., który dotyczy kupna sołectwa mszańskiego przez Mikołaja i Przybka Braciejów od wdowy po Ulmanie – poprzednim sołtysie mszańskim. Na mocy przywilejów króla Kazimierza wieś poszerzyła się o dolną część, leżącą bliżej rzeki Mszanki i być może od tej pory mamy do czynienia z pełną nazwą miejscowości Mszana Dolna i w dzisiejszych - mniej więcej- granicach. Przydomek „Dolna” wszedł w obieg również dlatego, że w 1365 r. król Kazimierz lokował położoną w górnym biegu Mszanki wieś Mszana Górna. Przez następne lata Mszana wchodziła w skład starostwa nowotarskiego, później uzyskała status starostwa niegrodowego, puszczanego w dzierżawę przedstawicielom miejscowego rycerstwa i szlachty. W 1400 r. wieś dostała się w ręce wpływowego rodu rycerskiego Ratołdów, a w 1524 r. tutejsze dobra kupił Jan Pieniążek herbu Odrowąż. W XV i XVI w. istniał tu już młyn, jatki i karczma. W 1595 r. otwarto szkołę parafialną, w której wykładowcą został niejaki Stanisław z pobliskiej Wiśniowej. Miejscowość czerpała też rozliczne korzyści, wynikające z położenia na szlaku handlowym, wiodącym od Krakowa, przez Myślenice, doliną Raby do Nowego Targu. W Mszanie istniały wówczas trzy karczmy: jedna w ratuszu, druga tzw. „Zdólna zajezdnia” koło kościoła i trzecia na tzw. zakręcie, przy drodze do Rabki. Ta ostatnia była sporych rozmiarów, zatrzymywali się w niej kupcy, podążający wspomnianym wyżej traktem handlowym. Z 1639 r. pochodzi ważny przywilej królewski, nadający Mszanie prawo 1 targu tygodniowego w każdą niedzielę i 5 jarmarków w ciągu roku. Wśród dzierżawców Mszany Dolnej w XVI i XVII w. można wymienić m.in.: Białobrzeskich herbu Abdank, Bylinów herbu Bylina, Dembińskich herbu Rawicz, Korycińskich herbu Topór, Matczyńskich herbu Jastrzębiec oraz Sierakowskich herbu Ogończyk. Wypada wspomnieć, że najazd szwedzki w połowie XVII w. spowodował na omawianym terenie znaczne zniszczenia i szkody, spłonął wtedy kościół parafialny i wiele zabudowań. Od tego czasu rozpoczął się powolny upadek gospodarczy Mszany, do którego walnie przyczynili się kolejni dzierżawcy królewscy, narzucający miejscowym chłopom coraz większe obciążenia pańszczyźniane. Ostatnim starostą mszańskim (pod koniec XVIII w.) był Ignacy Zboiński, kasztelan płocki, z którym poddani toczyli długotrwałe spory, zwracając się nawet o pomoc do króla Stanisława Augusta Poniatowskiego. Niewiele ona pomogła, a na dodatek wkrótce nastąpiły rozbiory i okolice Mszany stały się - jako dawne królewszczyzny - dobrami cesarskimi. Ten z kolei w 1798 r. sprzedał je Piotrowi Wodzickiemu, dziedzicowi sąsiedniej Poręby Wielkiej. Burzliwy przebieg miała w tych stronach słynna „rabacja” galicyjska w 1846 r. Chłopi nie dość, że poniszczyli pańskie folwarki i pola, to - jak mówi miejscowa tradycja - wywlekli z grobu zwłoki ostatniego, znienawidzonego dziedzica A. Juszczakiewicza i roznieśli je kijami na strzępy.
W drugiej połowie XIX w. nastąpiła powolna aktywizacja gospodarcza miasteczka, wybudowano wtedy „cesarski gościniec” w kierunku Sącza, później linię kolejową tzw. Transwersalną, powstały także fabryki konserw rybnych („Warhanek”), nawozów oraz mebli giętych („Ader”). Mieszkańcy, którzy nie mogli znaleźć zajęcia na miejscu, musieli emigrować na „saksy” (do Saksonii), czy też do „Hameryki”, za ocean. Od 1883 r. funkcjonował tu sąd powiatowy, pod koniec XIX w. mieszkało ponad 1800 mieszkańców, w tym 216 Żydów. Funkcjonowała szkoła, kilka sklepów, kasa pożyczkowa, przytułek dla ubogich. Na początku I wojny światowej okolice Mszany były miejscem koncentracji oddziałów państw centralnych przed rozwijającą się kontrofensywą przeciwko Rosjanom. Przybywały pociągi pełne żołnierzy, wśród których było wielu Polaków, zwłaszcza z ziemi cieszyńskiej. Krwawe działania wojenne, jakie rozegrały się w okolicy na przełomie listopada i grudnia 1914 r., przeszły do historii pod nazwą operacji łapanowsko-limanowskiej.
W okresie międzywojennym odkryto Mszanę Dolną jako atrakcyjne letnisko. Powstały wówczas pierwsze wille i pensjonaty. Mimo to, o pracę było dość trudno, ponieważ istniało tu zaledwie kilka niewielkich zakładów przemysłowych (2 tartaki, fabryka konserw, drobne przetwórstwo), skromnie rozwijało się rzemiosło (dość znani byli w okresie międzywojennym mszańscy kożusznicy). Warto również wspomnieć, że w latach 1934-1939 działała w Mszanie wytwórnia nart p. Adolfa Serbeńskiego.
Podczas II wojny światowej zginęło na frontach lub zostało wymordowanych 25% ludności miasteczka. Szczególnie tragiczny los spotkał Żydów z Mszany Dolnej, Dobrej i okolic, którzy zostali wymordowani podczas masowej egzekucji w dniu 19.08.1942 r. Symboliczny pomnik, znajdujący się „Na Pańskim” przy ul. Mroza, przypomina to straszne wydarzenie. Jednak mimo terroru ze strony okupanta rozwijało się życie konspiracyjne. Istniał silny ośrodek tajnego nauczania, którego zręby tworzyła Bronisława Szczepaniec i harcmistrz Julian Toliński. Komisję egzaminacyjną, pracującą w dworku hrabiny Krasińskiej organizował znany ludoznawca i etnograf dr Sebastian Flizak.
Po zakończeniu wojny najważniejszym wydarzeniem w życiu miejscowości było nadanie jej praw miejskich w dniu 1.07.1952 r. Nadanie statusu miasta było poprzedzone reformą administracyjną w 1951 r., na mocy której do Mszany została przyłączona samodzielna dotąd wieś Słomka. Tym samym Mszana uzyskała odpowiednią ilość mieszkańców oraz wielkość. Z inicjatywy inż. Józefa Marka powstała szkoła ogrodnicza. Nastąpiły też przeobrażenia komunikacyjne i architektoniczne, powstała nowa droga do Kamienicy, miasto zostało w części skanalizowane, uzyskało nowoczesny wodociąg, oczyszczalnię ścieków, sieć gazową i telefoniczną. W obecnym kształcie terytorialno – administracyjnym funkcjonuje od 1992 r., kiedy to powołano 2 odrębne jednostki: gminę i miasto Mszana Dolna. Aktualnie Mszana stawia na rozwój drobnego rzemiosła i przedsiębiorczości, inicjuje też wiele poczynań na niwie turystyki, między innymi projekt „Odkryj Beskid Wyspowy” i „Spotkania w Górach”.
Prężnie działają organizacje i stowarzyszenia, m.in. Klub Sportowy, TKKF „Lubogoszcz”, Terenowe Koło PTTK, którego prezesem jest p. Maria Antos (córka inż. J. Marka)
Warte uwagi
Informacje krajoznawcze:
1. Rynek mszański, położony w okolicy dawnego „mieściska”, jest już tylko z nazwy centralnym punktem miasteczka, większość bowiem ważnych urzędów, sklepów i instytucji ulokowana jest przy przebiegających poniżej ulicach Kolbego i Piłsudskiego. Dziewiętnastowieczne domki, wiekowe drzewa i ulice wybiegające prostopadle w czterech kierunkach sprawiają jednak, że zachowała się tu sympatyczna, kameralna atmosfera. Niegdyś znajdował się tutaj budynek dworski, zwany ratuszem, zabudowania folwarczne, browar i gorzelnia. Stała też przy rynku żydowska szkoła i synagoga, w okolicy której Niemcy stworzyli w czasie okupacji getto. Na wschodnim skraju rynku stał do 1969 r. stary, drewniany budynek mieszkalny z XVI w.
2. Poniżej rynku stoi kościół parafialny p.w. św. Michała Archanioła. Budowla w stylu tzw. „neogotyku nadwiślańskiego”, wzniesiona w latach 1891–1901, staraniem ówczesnego proboszcza Jankowskiego, wg projektu W. Wdowiszewskiego. Wnętrze ozdabia polichromia, wykonana przez prof. Juliana Makarewicza. Najcenniejszym elementem wyposażenia jest szesnastowieczny obraz malowany na desce, przedstawiający Zaśnięcie Marii Panny. Przy wejściu stoi kropielnica kamienna z 1668 r.
3. W prawym narożniku cmentarza parafialnego znajduje się kwatera wojenna nr 363 z czasów I wojny. Zostało tu pochowanych 32 żołnierzy, poległych podczas kampanii 1914 r. Na marmurowej tablicy można przeczytać inskrypcję „Do nas pokój przyszedł wcześniej niż do was”. Obok groby żołnierzy Wojska Polskiego z 1939 r.
4. W dawnym parku podworskim, w otoczeniu pięknej grupy starodrzewia zobaczyć można budynek dworski w stylu angielskiego „cottage” wybudowany wg projektu W. Kozłowskiego i A. Nieniawskiego przed wybuchem wojny przez ostatniego właściciela Henryka Piotra Krasińskiego. Po wojnie w dworku mieściła się Szkoła Rolnicza, a obecnie znajduje się tam Zakład Wychowawczy dla nieletnich.
5. W dzielnicy Marki (ok. 100 m od drogi Rabka-Mszana) można zobaczyć zabytkowy cmentarz żydowski, odnowiony i ogrodzony w maju 1991 r. z fundacji mszańskiego Żyda Leo Gatterera z Frankfurtu nad Menem.
6. Najstarszym budynkiem Mszany Dolnej jest tzw. „winiarnia”, wybudowana wg ustaleń niektórych badaczy na przełomie XVI i XVII w., pierwotnie jako kasztel obronny. Obecnie jest to centrum konferencyjno-szkoleniowe, winiarnia i miejsce koncertów. Obiekt został pięknie wyremontowany u progu XXI w. przez Andrzeja Majchrzaka i Andrzeja Popiołka.
7. Przy obecnej ul. Zakopiańskiej znajdował się w XIX w. cmentarz choleryczny. Na jego miejscu obecnie stoi prosty krzyż.